Desde épocas pre-incas la zona de Huallanca fue poblada por poblaciones que fueron influidas por las culturas Chavín y Wari. Desde el siglo XIII aproximadamente la zona conformó parte del territorio del pueblo Yaro (Yarowilkas), los cuales se adhirieron al imperio incaico a manera de nación confederada. Los restos de la etapa Yaro están dispersos por todo el distrito, destacando los de los cerros Sagrapetaca y Shipán.
En la colonia fue parte del corregimiento de Cajatambo, siendo propiedad del Marqués de De La Puente, radicado en Huánuco. En algún momento de fines de coloniaje, llegó a ser cabeza de partido. En 1770 se registran los primeros descubrimientos de vetas argentíferas en la zona de Purísima y Mina Mercedes (alturas de la laguna Contaycocha), por cateadores peruanos (Liberato Cashin) y portugueses (Beteta, Rodríguez), lo que hace que fluya una gran cantidad de colonos españoles y portugueses a la zona.
A inicios del siglo XIX ya se tiene constancia de un asentamiento minero en la zona del barrio Carmen Alto, conformado por mineros de origen europeo principalmente. Estos apoyaron a la expedición patriota con algunos voluntarios, forraje y dinero durante la guerra de independencia. La población del asiento minero decide en 1832 declararse pueblo, escogiendo como sus patronos a San Juan Nepomucemo y la Virgen del Carmen. Esto es celebrado con la realización de 2 tardes taurinas, que desde la fecha se convirtió en tradición del mes de julio. La declaración de pueblo es refrendada por el Mariscal Agustín Gamarra el 21 de noviembre de 1839 en Cusco, fecha que es celebrada como fundacional por la población huallanquina desde entonces.
El distrito fue creado el 2 de enero de 1857 mediante Ley s/n por el Mariscal Ramón Castilla. Posteriormente fue transferido a la provincia de Huamalíes. En 1870 junto con los distritos de Aguamiro, Pachas, Ripán, Baños y Chupán se disgregan y conforman la Dos de Mayo, con la capital provincial ubicada en la ciudad de La Unión (por la Unión de Aguamiro y Ripán). Entre estos años se fundó la emblemática institucióm educativa Huallanquina Escuela Normal N° 393 (Actual IE 32226, Raúl Córdova Alvarado).
Durante la Guerra del Pacífico la población huallanquina volvió a mostrar su patriotismo apoyando a las tropas del Mariscal Andrés Avelino Cáceres y entorpeciendo el avance del batallón chileno que lo perseguía. En esta época, varias familias enriquecidas por la explotación mineral puso a resguardo sus riquezas, dando origen a las leyendas de los "entierros" en muchas casonas antiguas y fundos.
Desde finales del siglo XIX hasta la década de los 20 del siglo XX se desarrolló fuertemente la actividad minera, con la llegada de inversionistas extranjeros, profesionales mineros y aventureros exiliados de Europa (principalmente portugueses, italianos y alemanes). Entre los inversionistas destacó el empresario argentino Carlos Rizo Patrón Daguerre, el cual creó un pequeño emporio minero con Huallanca como centro de operaciones y que enviaba el mineral a la zona de Cerro de Pasco y a la costa de Paramonga. En esta época el desarrollo tecnológico llega a Huallanca antes que a otras localidades, siendo el primer pueblo de la zona en contar con electricidad, hoteles, club de tiro, equipos de fútbol, y hasta automóviles.
Antigua Fundación Minera. El final de la I Guerra Mundial y la epidemia de Gripe Española ocasionó una fuerte disminución de la actividad minera, la cual se vio fatalmente golpeada por la muerte de Carlos Rizo Patrón y la crisis económica mundial de 1929. Muchas familias de italianos y alemanes migran a otras partes del Perú, mientras que algunas deciden quedarse pues ya habían asentado raíces en el pueblo.
Entre las décadas del 30 al 60 del Siglo XX, ante la decadencia minera, la economía de Huallanca tuvo un fuerte componente agropecuario, especialmente ganadero. Las familias poseían en propiedad o arrendamiento grandes fundos y estancias con ganado ovino, caballar y vacuno selecto. Se hicieron famosos los quesos huallanquinos por su sabor, textura y calidad, llegando a ser preferidos en muchas ciudades del país y llegando a ser premiados en competencias internacionales en Europa. En esta época de viajes a caballo a Huánuco, Huaraz, Cerro de Pasco o la Costa cobra importancia la figura del arriero huallanquino y sus aventuras; teniendo importantes referentes locales como "Chimu" Zelaya o "Sapcha" Vargas. En 1939, con motivo del centenario del pueblo se erigió un obelisco en la plaza de armas (la recordada Shayhua).
En 1958 inician las primeras exploraciones mineras en la zona de Santa Lucía de Huanzalá, en la cuenca del río Torres, al confirmarse la existencia de mineralización económicamente explotable, la empresa Mitsui Mining & Smelting, de capitales japoneses decide abrir la mina de Santa Luisa de Huanzalá en 1968, inaugurando además la carretera de salida a la costa por la ruta Yanashalla, Aquia, Chiquián, Conococha, Pativilca. A esta inauguración asistió el presidente de entonces, arq. Fernando Belaunde Terry.
Durante la década de 1970, el gobierno revolucionario del general Juan Velasco Alvarado llevó a cabo la Reforma Agraria, la cual afectó fuertemente la economía huallanquina, al despojar de sus fundos a la mayoría de familias tradicionales que hacían los productos agropecuarios de reconocida fama. La reforma dio pase a la formación de comunidades campesinas, así como a la expropiación de los terrenos de la Virgen del Carmen en la zona de Chiuruco, la cual pasó a manos de la municipalidad distrital. El declive agropecuario fue tan pronunciado que hasta la actualidad la recuperación no ha llegado a mejorar la productividad de antaño.
En la década de 1980 el terrorismo de Sendero Luminoso y el MRTA amenazaron la zona, con incursiones en las ciudades de La Unión y Chiquián, en la zona de Huallanca merodearon por las zonas altas de los fundos pero nunca entraron al pueblo. La década de 1990 trajo el fin del terrorismo y el inicio de un fuerte desarrollo.